Charlotte HÉRICÉ, PhD

Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche en BioInformatique

Institut Chimie et Biologie des Membranes et des Nano-objets (CBMN)
Université de Bordeaux
1 Allée Geoffroy Saint-Hilaire
33600 Pessac, France

charlotte.herice(a)u-bordeaux.fr

Expérience

Depuis novembre 2019

Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche (ATER) en BioInformatique

Institut Chimie et Biologie des Membranes et des Nano-objets (CBMN)
Université de Bordeaux, Bordeaux, France

Responsable: Pr. Jean-Christophe Taveau

Juillet 2017 - Juillet 2019

Chercheur Associé

Strathclyde Institute of Pharmacy and Biomedical Sciences (SIPBS)
Université de Strathclyde, Glasgow, Écosse, Royaume-Uni

Projet de recherche : Développement d'un modèle computationel pour l'étude de la dynamique du cycle du sommeil.
Responsable : Dr. Shuzo Sakata
Langages/Logiciels : Python, R, Bash, ImageJ, Illustrator, LaTeX.

Février - Juin 2017

Chercheur Invité

Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Bordeaux, France

Projet de recherche : Personnalisation d'une application web préalablement développée dans le laboratoire d'accueil pour la visualisation de réseaux métaboliques.
Responsable : Dr. Marie Beurton-Aimar

2013-2016

Doctorat Neurosciences Computationnelles

Équipe Mnémosyne INRIA, Institut des Maladies Neurodénégératives (IMN), CNRS UMR 5293, Bordeaux, France
École Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé (ED SVS), Université de Bordeaux

Sujet de thèse : Mécanismes de la sélection de l'action et de la prise de décision dans les ganglions de la base: approche par un modèle connexionniste.
Responsable : Dr. André Garenne
Mots clés : neurosciences computationelles, connexionnisme, ganglions de la base, prise de décision, boucle fermée, spiking neurons.
Résumé : Ma thèse s'est effectuée au sein de l'équipe Mnémosyne de l'Institut des Maladies Neurodégénératives (IMN) de Bordeaux, en collaboration avec l'Institut National de Recherche en Informatique et Automatique (INRIA) de Talence. Le travail de recherche de cette équipe s'appuie sur les neurosciences intégratives et computationnelles. Son objectif est de modéliser le cerveau comme un système de mémoires actives en synergie et en interaction avec les mondes interne et externe et de le simuler comme un tout et en situation. Mon travail de recherche portait sur les mécanismes de sélection de l'action et de la prise de décision dans les ganglions de la base, à l'aide d'une approche par un modèle connexionniste. À ce titre il s'intégrait donc directement dans les approches développées par l'équipe, aussi bien en ce qui concerne les objectifs scientifiques que les développements méthodologiques.
Langages/Logiciels : C++, Java, Python, R, Bash, ImageJ, Gimp, LaTeX.

Lien vers le manuscrit de thèse (en français).

2013

Stage Master 2 (6 mois)

Institut Interdisciplinaire de NeuroSciences (IINS), Équipe Mulle (Physiologie des synapses glutamatergiques), CNRS UMR 5297, Bordeaux, France

Sujet du stage : Modélisation informatique du fonctionnement de la fibre moussue - cellule CA3 de l'hippocampe. Implémentation d'un modèle stochatique afin de reproduire la variabilité des réponses synaptiques observées lors d'enregistrements en conditions basales.
Responsables : Dr. Christophe Blanchet et Dr. André Garenne
Langages/Logiciels : Python (3.7 et 3.1), logiciels MCell et Blender, Gimp, LaTeX.

2012

Stage Master 1 : Projet de Programmation en groupe (3 mois)

Laboratoire Chimie et Biologie des Membranes et Nanoobjets (CBMN), CNRS UMR 5248, Bordeaux, France

Sujet du stage : Projet Pick_EM : Développement d'un plugin pour le logiciel ImageJ pour une sélection automatique de particules sur des images issues de microscopie cryo-électronique.Première expérience en gestion de projet (organisation des tâches, planning et cahier des charges à respecter) et de travail en équipe (4 étudiants) sur un projet de moyenne ampleur. Perfectionnement dans l'utilisation d'un gestionnaire de version (git) et d'un IDE (Eclipse).
Responsable : Pr. Jean-Christophe Taveau
Langages/Logiciels : Java, scripts au langage ImageJ, LaTeX.

Formation

Schools et Workshops

  • - "European Institute for Theoritical Neuroscience Spring School". Paris, France. (2018). Compréhension et conception de modèles neuronaux à plusieurs échelles, allant des modèles cellulaires et de circuits vers des réseaux cérébraux à grande échelle (Lien vers la page web).
  • - "European Neuroscience Conference for Doctoral Students (ENCODS)". Helsingor, Danemark (2016).
  • - "Emergent: Neural Network Simulation System". Collaboration avec l'équipe du Dr. Randall O'Reilly. Department of Psychology and Neuroscience of the University of Colorado Boulder - Boulder, Colorado, États-Unis (2015).

2013-2017

Doctorat Neurosciences Computationnelles

Équipe Mnémosyne INRIA, Institut des Maladies Neurodénégératives (IMN), CNRS UMR 5293, Bordeaux, France
École Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé (ED SVS), Université de Bordeaux

Sujet de thèse : Mécanismes de la sélection de l'action et de la prise de décision dans les ganglions de la base: approche par un modèle connexionniste.
Responsable : Dr. André GARENNE
Mots clés : neurosciences computationelles, connexionnisme, ganglions de la base, prise de décision, boucle fermée, spiking neurons.

2011-2013

Master Bio-Informatique

Université de Bordeaux, Bordeaux, France

Programmation, Génie Logiciel, Algorithmique appliquée à la Biologie, Data Mining, Utilisation d’outils bio-informatiques, Traitement d'images, Statistiques.
Responsable : Dr. Marie BEURTON-AIMAR

2008-2011

Licence S.T.S. Sciences de la Vie - Parcours Biologie Cellulaire et Physiologie

Université de Bordeaux, Bordeaux, France

Neurosciences, Biologie Animale, Biochimie, Biologie Vététale, Chimie, Microbiologie, Immunologie, Physiologie des Cellules Nerveuses, Biologie Cellulaire, Statistiques, Génétique.

Publications

Thèse

  • - C. Héricé. "Mécanismes de la sélection de l'action et de la prise de décision dans les ganglions de la base: approche par un modèle connexionniste". Thèse de l'Université de Bordeaux (2016). Lien vers le manuscrit de thèse (en français).

Articles et revues

  • - C. Héricé and S. Sakata. "Developping a computational model of the sleep/wake cycle". In press pour Frontiers in Neuroscience.
  • - M. Carlu*, O. Chehab*, L. Dalla Porta*, D. Depannemaecker*, C. Héricé*, M. Jedynak*, E. Köksal Ersöz*, P. Muratore*, S. Souihel*, C. Capone*, Y. Zerlaut*, A. Destexhe & M. Di Volo. "A mean-field approach to the dynamics of networks of complex neurons, from nonlinear Integrate-and-Fire to Hodgkin-Huxley models". In press pour Journal of Neurophysiology.
  • - C. Héricé*, A. Patel* and S. Sakata. "Circuit mechanisms and computational models of REM sleep". Neuroscience Research (2019). Lien.
  • - C. Héricé, R. Khalil, M. Moftah, T. Boraud, M. Guthrie and A. Garenne. "Decision-making under uncertainty in a spiking neural network model of the basal ganglia". Journal of Integrative Neuroscience (2016). Lien.

Posters et Conférences

  • - C. Héricé and S. Sakata. "A Computational Model of the Sleep/Wake cycle". Scottish Neuroscience Group Meeting - Dundee, Royaume-Uni (2018).
  • - C. Héricé and S. Sakata. "Developping a Computational Model of Rapid Eye Movement Sleep". Eleventh FENS (Federation of European Neuroscience Societies) Forum of Neuroscience - Berlin, Allemagne (2018).
  • - C. Héricé, R. Khalil, M. Moftah, T. Boraud, M. Guthrie and A. Garenne. "Decision-making in a neural network model of the basal ganglia". Sixth International Symposium on Biology of Decision Making (SBDM 2016) - Paris, France (2016) Lien vers le poster (PDF).
  • - C. Héricé, R. Khalil, M. Moftah, T. Boraud, M. Guthrie and A. Garenne. "Decision making mechanisms in a connectionist model of the basal ganglia (updated)". Multi-Disciplinary Conference on Reinforcement Learning and Decision Making (RLDM 2015) - Edmonton, Alberta, Canada (2015) Lien vers le poster (PDF).
  • - C. Héricé, M. Bonnet-Save, A. Garenne, J-M. Cabelguen and T. Boraud. "Setting a behavioral task for assessing decision-making in Urodele amphibian". Fifth International Symposium on Biology of Decision Making (SBDM 2015) - Paris, France (2015) Lien vers le poster (PDF).
  • - M. Guthrie, C. Héricé, R. Khalil, M. Moftah, T. Boraud and A. Garenne. "Decision making mechanisms in a connectionist model of the basal ganglia". Fourth International Symposium on Biology of Decision Making (SBDM 2014) - Paris, France (2014) Lien vers le poster (PDF).

Talks

  • - C. Héricé. "Computational Neurosciences: Introduction to Artificial Neural Networks". Jagiellonian University Medical College - Cracovie, Pologne (2019).
  • - C. Héricé. "Highliting decision-making and action-selection processes with a computer". Journée Scientifique de l'École Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé de l'Université de Bordeaux - Arcachon, France (2016). Présentation sélectionnée par un comité de doctorants et évaluée par un jury de directeurs de thèses.

Compétences informatiques

Langages de Programmation

Python, Java, Bash, C/C++, Javascript, Perl

ANN

Brian Simulator, NEURON

Méthodes Orientées Objet

Design Pattern, UML

Bases de Bonnées (SGBD)

PostgreSQL

Web

HTML, CSS, PHP, WebGL

Imagerie

ImageJ, Illustrator, GIMP

Modélisation

MCell, Blender 3D, Matlab

Analyse de Données

R, statistiques, dada mining

Systèmes

Linux, Mac OS, Windows

IDE

NetBeans, Eclispe

Open Source

WordPress

Bureautique

LaTeX, Mac Office, Microsoft Office, Open Office

Langues

Français

Langue maternelle

Anglais

Courant et scientifique

Allemand

Conversationnel

Espagnol

Conversationnel

Médiation scientifique

Talk - Printemps de la mixité INRIA

Mai 2015/2016 - Bordeaux, France

Informatique cognitive : Du cerveau à la machine

C. Héricé et I. Chraibi-Kaadoud

Explication des métiers de la recherche liés à l'informatique cognitive à des collégiens et lycéens.

Atelier - Fête de la Science INRIA

Octobre 2014/2015 - Bordeaux, France

Sciences manuelles du numérique : Déconstruire l'informatique pour mieux la comprendre

Explication des sciences informatiques sans ordinateur à des collégiens et lycéens.

Poster - Rencontres INRIA et Industries (R2I)

Octobre 2015 - Bordeaux, France

Modélisation bio-inspirée dans le numérique et la santé

C. Héricé, I. Chraibi-Kaadoud et F. Alexandre

Présentation des travaux et axes de recherche de l'équipe Mnémosyne.

Atelier - Salon Aquitec

Février 2014/2015 - Bordeaux, France

Stand INRIA pour les métiers de la recherche et des études supérieures.

Présentation des travaux du centre INRIA Bordeaux - Sud-Ouest.

Enseignements

2019-2020

BioInformatique Structurale et Modélisation

Étudiants de Master 2 - Université de Bordeaux

Programmation avec les logiciels MCell et Blender pour simuler des processus biologiques.

2017

Comment programmer en Python ?

Université de Strathclyde, Glasgow, UK

Atelier de 3 jours pour initier l'équipe de recherche du Dr. Sakata au langage de programmation Python (scripts simples et complexes, fonctions, figures et graphes, chargement et traitment de données, écriture et lecture de fichiers).

2015-2016

Informatique appliquée à la Biologie : Imagerie et modélisation

Étudiants de Master 1 - Université de Bordeaux

Utilisation des logiciels MCell and Blender dans le but de répondre à une question biologique.

2013-2016

Tests statistiques et scripts pour la Biologie avec le logiciel R

Étudiants de Master 1 - Université de Bordeaux

Révision des principaux tests statistiques savoir quel est le plus approprié pour répondre à une question scientifique, utilisation du logiciel R et savoir implémenter un script.

2014-2016

Bases de données et langage SQL

Étudiants de Master 1 - Université de Bordeaux

Introduction au systèmes de gestions de bases de données ainsi qu'à PostgreSQL et HTML, préparation et correction d'un projet de programmation et de l'examen final.

2013-2014

Introduction à la modélisation et à l'imagerie en Biologie

Étudiants de Master 1 - Université de Bordeaux

Révision des bases de neurosciences et d'électrophysiologie, familiarisation avec le concept de programmation Python pour les réseaux de neurones et introduction à vPython.

Autres

Associatif

Secrétaire de l'Association des Doctorants et Docteurs en Biologie de Bordeaux (2D2B) durant toute la durée de la thèse

Mise en place et gestion du site web et des réseaux sociaux, organisation de la Journée Scientifique de l'Ecole Doctorale (inscriptions des étudiants et directeurs de thèse, gestion de l'emploi du temps et de la logistique durant la journée).

Conseils Universitaires

Représentante des Doctorants

Conseil de Laboratoire de l'IMN de 2014 à 2016

Conseil Scientifique de l'Ecole Doctorale Science de la Vie de la Santé de l'Université de Bordeaux en 2015 et 2016